Každým rokem je udělovaná Cena rektora pro nejlepší absolventy Univerzity Karlovy, která se uděluje v závěru studia za mimořádné vědecké, výzkumné, sportovní nebo kulturní výsledky, Cena Josefa Hlávky je určena pro nejlepší studenty a absolventy, kteří prokázali výjmečné schopnosti ve svém oboru, a fakultní ceny se udělují za mimořádné studijní výsledky a tvůrčí myšlení. Mimořádná cena rektora je udělena příležitostně např. za čin prokazující mimořádnou občanskou statečnost nebo vynikající výsledky v oblasti vědy a výzkumu.
