Činnost ekonomického odboru lze rozdělit do dvou úrovní:

První úroveň je celouniverzitního charakteru, kdy odbor zabezpečuje ekonomické záležitosti za Univerzitu Karlovu jako celek. Mezi tyto činnosti patří:

• tvorba rozpočtu Univerzity Karlovy v Praze (Univerzita)

• tvorba rozpisu státní neinvestiční dotace

• zpracování účetní závěrky Univerzity

• zpracování daňových přiznání Univerzity

• spolupráce s auditorem

• zpracování statistických výkazů, přehledů a hlášení Univerzity

• zúčtování Univerzity se státním rozpočtem

• zpracování univerzitní výroční zprávy o hospodaření

• spolupráce na zpracování univerzitní výroční zprávy o činnosti

• spolupráce s odborem výstavby na agendě investiční činnost Univerzity

• spolupráce s ostatními odbory při předkládání požadavků na dotace

• tvorba doporučených postupů v ekonomické oblasti pro fakulty a další součásti

• kontrola darovacích, kupních a příslušných nájemních smluv

• kontrola požadavků na čerpání univerzitní rezervy Akademického senátu UK

Druhou úrovní je činnost související s chodem Rektorátu Univerzity a dalších součástí, tj. Agentury Rady vysokých škol, Centra pro otázky životního prostředí, Centra pro přenos poznatků a technologií, Centra teoretických studií, Nakladatelství Karolinum, Ústavu dějin a Archivu UK, Ústavu výpočetní techniky a Ústřední knihovny UK. Pro všechny uvedené dílčí subjekty Univerzity zajišťuje ekonomický odbor následující činnosti:

• vedení účetnictví

• zpracování většiny mzdových agend

• zpracování rozpočtů

• vedení bankovních účtů

• sběr statistických informací

• metodické vedení v ekonomické oblasti

• zpracování ekonomických rozborů