• Rektorka

• Akademický senát

• Vědecká rada

• Rada pro vnitřní hodnocení

• Správní rada

• Kvestor

Poradní orgány rektorky

• Kolegium rektorky

• Rozšířené kolegium rektorky

• Historická komise

• Ediční rada

• Grantová rada

• Mezinárodní rada

• Rada pro komercializaci

• Rada celoživotního vzdělávání

Další orgány univerzity

• Krizový štáb

• Etická komise

• Poplatková komise

• Rada Kolejí a menz

• Hodnotící komise a Kontrolní komise dle Pravidel podpory zájmové činnosti studentů UK

• Rada Edice Václava Havla

• Rada stipendia Václava Havla

• Stálá pracovní komise pro poskytování služeb studentům se speciálními potřebami

• Komise programů pro podporu vědy na UK

• Komise pro etiku ve výzkumu

• Hodnotitelské komise pro soutěž vysoce kvalitních monografií

• Komise pro přidělování startovacích bytů

• Komise pro Fond post-doc

• Rada Fondu mobility

• Expertní panel pro podporu internacionalizace na UK

• Rada sportu

• Komise pro udělování doktorátů honoris causa

• Komise pro Cenu Jaroslava Jirsy za nejlepší učebnici roku

• Komise pro udělení Ceny Arnošta z Pardubic

• Komise pro Ceny rektora

• Komise pro Cenu Bedřicha Hrozného za tvůrčí počin

• Komise etiky vědecké práce a problematiky související s plagiátorstvím

• Pracovní komise pro sponzorskou a partnerskou spolupráci s komerčními subjekty