Ceny určené studentům Univerzity Karlovy se dělí na tři skupiny – rektorské ceny, fakultní ceny a ceny udělované vnějšími subjekty.

Mezi nejvýznamnější ceny, udělované Univerzitou Karlovou patří Bolzanova cena, Cena rektora a Mimořádná cena rektora.

• Prestižní Bolzanovu cenu jsou odměňováni studenti za mimořádně objevné práce vzniklé během studia. Cena se uděluje ve třech kategoriích – v kategorii společenskovědní, kategorii přírodovědné a kategorii lékařské.

• Cena rektora je určena nejlepším absolventům bakalářského a magisterského studia a každoročně ji může získat jeden z absolventů lékařských programů (Cena prof. MUDr. Karla Weignera), společenskovědních programů (Cena prof. JUDr. Karla Engliše), přírodovědných programů (Cena prof. RNDr. Jaroslava Heyrovského), teologických programů (Cena Josefa Dobrovského) a učitelského studia (Cena prof. PhDr. Václava Příhody).

• Mimořádná cenu rektora, která se uděluje příležitostně, se uděluje studentům za čin, popřípadě činnost, vykonaný během studia a prokazující mimořádnou občanskou statečnost nebo obětavost; za dosažení mimořádných výsledků v průběhu studia v oblasti vědy a výzkumu; nebo za mimořádně vysoké ocenění při provozování kulturních či uměleckých aktivit nebo za skvělé sportovní výsledky v mezinárodních soutěžích.

• Cena Arnošta z Pardubic je prestižní ocenění Univerzity Karlovy udělované akademickým pracovníkům za mimořádné pedagogické aktivity a skupinám pedagogických či podpůrných pracovníků za jejich přínos ke zvyšování kvality vzdělávací činnosti.

Studenti mohou získat řadu dalších ocenění na jednotlivých fakultách Univerzity Karlovy, která udělují přímo děkani fakult nebo nadační fondy.

Univerzita Karlova také navrhuje své studenty k ocenění vnějším subjektům, studenti mohou být vyznamenáni udělením Ceny ministra školství, mládeže a tělovýchovy a Ceny Josefa Hlávky pro nejlepší studenty a absolventy.

• Cena ministra školství, mládeže a tělovýchovy je udělována vynikajícím studentům studia v bakalářském, magisterském nebo doktorském studijním programu za mimořádné výsledky ve studiu a ve vědecké, výzkumné, vývojové, umělecké nebo další tvůrčí činnosti. Návrh pro absolventa lze podat nejpozději do jednoho roku po řádném ukončení jeho studia.

• Cena Josefa Hlávky pro nejlepší studenty a absolventy je určena pro talentované studenty v bakalářském, magisterském nebo doktorském studiu, kteří prokážou výjimečné schopnosti a tvůrčí myšlení ve svém oboru, do 33 let jejich věku.

• Ocenění za vědu a výzkum: Rektorát UK (odbor pro výzkum) nominuje výzkumné pracovníky univerzity na univerzitní ocenění, na různé druhy českých cen za výzkum i na zahraniční ocenění.