Rektorát je výkonným aparátem univerzity. Na rektorátě se uskutečňuje organizační, koordinační, konzultačně poradní, evidenční a kontrolní činnost v oblasti studijní, vědecké, ekonomické, personální, právní, vnějších vztahů, včetně zahraničních styků, a vnitřní správy. Rektorát zabezpečuje po stránce materiální a administrativní činnost orgánů UK. Činnosti a organizační struktura jsou popsány v Organizačním řádu rektorátu - OR č. 12/2021.

Na rektorátě jsou zřízeny tyto organizační útvary:

a. Kancelář rektora

b. Kancelář kvestora

c. Odbory rektorátu:

Odbor pro studium a záležitosti studentů

Odbor kvality vzdělávací činnosti a akreditací

Odbor pro vědu a výzkum

Odbor zahraničních vztahů

Odbor vnějších vztahů

Ekonomický odbor

Právní odbor

Odbor veřejných zakázek

Odbor projektové podpory

Odbor výstavby

UK Point

Centrum celoživotního vzdělávání

Personální odbor

Bezpečnostní odbor

d.

Odbor vnitřního auditu a kontroly