Rektorát je výkonným aparátem univerzity. Na rektorátě se uskutečňuje organizační, koordinační, konzultačně poradní, evidenční a kontrolní činnost v oblasti studijní, vědecké, ekonomické, personální, právní, vnějších vztahů, včetně zahraničních styků, a vnitřní správy. Rektorát zabezpečuje po stránce materiální a administrativní činnost orgánů UK.

Na rektorátě jsou zřízeny tyto organizační útvary:

a. Kancelář rektora

b. Kancelář kvestora

c. Odbory rektorátu:

Odbor pro studium a záležitosti studentů

Odbor kvality vzdělávací činnosti a akreditací

Odbor pro vědu a výzkum

Odbor zahraničních vztahů

Odbor vnějších vztahů

Ekonomický odbor

Právní odbor

Odbor veřejných zakázek

Odbor projektové podpory

Odbor výstavby

Informační, poradenské a sociální centrum

Centrum celoživotního vzdělávání

Personální odbor

Bezpečnostní odbor

d. Oddělení vnitřního auditu

Organizační řád rektorátu Univerzity Karlovy