Kancelář rektorky zabezpečuje vykonávání rozhodnutí rektorky a případně dalších orgánů univerzity a zajišťuje podmínky pro činnost rektorky a dalších orgánů univerzity.

Kancelář rektorky se člení na:

Do kanceláře rektorky se pro pracovněprávní účely zařazuje zejména též kancelář Akademického senátu univerzity a sekretariát správní rady. Do kanceláře rektorky se dále zařazuje pověřenec pro ochranu osobních údajů a bezpečnostní ředitel a ti, kteří jsou přímo podřízeni rektorce.

Činnost kanceláře rektorky řídí kancléřka UK.