Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy uděluje ve vědě, výzkumu a inovacích:

Cenu ministra školství, mládeže a tělovýchovy za mimořádné výsledky výzkumu, experimentálního vývoje a inovací

Uděluje se od roku 1991, v současné podobě od roku 2009, za konkrétní mimořádné výsledky výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, kterých bylo dosaženo za posledních pět let na základě podpory poskytnuté Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy.

Cenu Milady Paulové

Uděluje se od roku 2009 ženě-vědkyni za celoživotní přínos vědě a mimořádný přínos rozvoji oboru. Cena je každý rok udělována v jiné výzkumné oblasti (ekologie, ekonomie, chemie, fyzika atd.). Cena se uděluje ve spolupráci s Národním kontaktním centrem – ženy a věda při Sociologickém ústavu AV ČR, v.v.i.

Cenu Františka Běhounka

Cena se uděluje od roku 2012. Určena je vědci nebo vědkyni, kteří se svým objevem, publikací nebo jiným obdobným způsobem významně zasadili o propagaci a popularizaci české vědy a šíření dobrého jména České republiky v evropském kontextu.