Akademický senát UK vznikl po listopadové revoluci 1989, kdy se na Univerzitě Karlově začal rodit moderní vysokoškolský život. Kroky ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy směřující k decentralizaci řízení vysokých škol z počátku ledna 1990 umožnily, aby na Univerzitě Karlově vznikla na základě zásad zákona o vysokých školách ze dne 5. ledna 1990 Akademická rada. Ta sestávala z delegátů 15 fakult. První zasedání Rady se konalo 12. ledna 1990, na kterém Rada zorganizovala volbu rektora a schválila prozatímní Statut Univerzity, který obsahoval základní ustanovení o působení Rady. Prvním předsedou Akademické rady byl zvolen Ing. Ivan Wilhelm, CSc. Volba rektora se uskutečnila 18. ledna 1990 a následně 26. ledna 1990 rada schválila rektorem Doc. PhDr. Radimem Paloušem, CSc. navržené čtyři nové prorektory. Dalším významným krokem bylo 9. března 1990 schválení návrhu změny Prozatímního Statutu , kterou došlo ke změně názvu Akademické rady na Akademický senát Univerzity Karlovy. Federální shromáždění ČSFR 4. května 1990 schválilo zákon č. 172/1990 Sb. o vysokých školách, ten v § 8 až 10 vymezil činnost Akademického senátu jako Akademického orgánu vysoké školy. Senát měl být volený akademickou obcí vysoké školy tak, aby v něm byly fakulty zastoupené stejným počtem členů. Účinnost tohoto zákona byla od 1. července 1990. Akademický senát 11. května schválil Jednací řád AS UK. Hned od počátku své existence zřídil ekonomickou, legislativní, pedagogickou a sociální  komisi. 31. března 1991 skončilo období prvního senátu a do této doby proběhly první volby do Akademického senátu UK. 22. března 1991 byla zveřejněna první zpráva o činnosti AS UK za období leden 1990 – 1991. Vedle již zmíněných 4. února 2000 zřídil senát další dvě: edičí a zahraniční.