Poradním orgánem rektora pro posuzování návrhů na udělení ceny je komise pro udělení Bolzanovy ceny.

Komise je minimálně devítičlenná, její členy jmenuje a odvolává rektor. Předsedou komise je zpravidla prorektor pro studijní záležitosti, který určí z řad dalších členů komise místopředsedu. Členství v komisi je čestné a nezastupitelné.

Komisi svolává a její jednání řídí předseda. Komise je usnášeníschopná, jsou-li přítomny dvě třetiny jejích členů.

Komise projednává pouze ty přihlášky, které mají náležitosti podle čl. 9 Statutu cen udělovaných studentům a absolventům Univerzity Karlovy

Komise si může vyžádat další odborné posudky a stanoviska.

Komise se usnáší o návrhu na udělení ceny nadpoloviční většinou hlasů přítomných členů. Návrh předkládá rektorovi k rozhodnutí.