Činnost Grantové agentury Univerzity Karlovy zabezpečují odborné orgány, které se podle svých kompetencí podílejí také na jejím grantovém financování, kontrolují dodržování právních a vnitřních předpisů, posuzují a hodnotí ukončené grantové projekty.

Jedná se o Grantovou radu univerzity, Oborové rady a Dozorčí radu.